Struktur kurikulum SMP Integral dan kontinuitas konsep pendidikan antar jenjang dalam pendidikan integral Hidayatullah, pada tingkat SMP diharapkan dapat dibentuk kepribadian islam sekaligus meningkatkan pemahaman tsaqofah islam (pada materi tsaqofah islam) serta memberikan penguasaan terhadap ilmu kehidupan (IPTEK dan keterampilan).

Hal ini mengingat anak telah memasuki jenjang usia baligh. Garis besar materi kedua kelompok tersebut adalah:

1. Kelompok materi tsaqofah islamiyah, meliputi materi :
   1. Kepribadian islam (syakhshiyah islamiyah)
   2. Aqidah islamiyah
   3. Pemikiran islam dan pemikiran syariah
   4. Dakwah islam
   5. Akhlaq islam
   6. Fiqh fardiyah (ibadah, makanan-minuman, pakaian, dan muamalat)
   7. Bahasa arab
   8. Ulumul Qur’an
   9. Ulumul Hadist
   10. Ushul Fiqh
   11. Sirah nabawiyah
   12. Tahfizhul Qur’an/Hadist
   13. Sistematika wahyu (SW)
2. Kelompok materi ilmu kehidupan (IPTEK dan keterampilan), meliputi materi:
   1. Matematika
   2. IPA (Fisika, Biologi, Kimia)
   3. IPS (Ekonomi, Sejarah, Geografi)
   4. Bahasa (Inggris, Indonesia, Arab)
   5. Pendidikan jasmani
   6. Kerajinan dan kesenian
   7. Ilmu terapan (komputer)